冷藏車在水產品運輸中廣泛使用，運輸水產品不同于果蔬生鮮類，對溫濕度的調節、裝載方法都有較為細致的要求。

運輸水產品需要將冷藏車廂溫度預冷至0-5°C，水產品放入冷藏車前，要充分洗滌表面臟污，以防止在封閉的空間內細菌滋生。對于活海鮮的運輸，多為在冷藏車廂內放置水桶，相對空氣濕度為95%~100%；并增加充氧裝置，將車廂內溫度調節至運輸海鮮適宜的范圍；對需要深凍的水產品，溫度要調節的-18°C--20°C，運輸時需要擺放好。

冷藏保鮮運輸時，因冷機為風冷裝置，故水產品表面容易干燥，可在冷藏車內加少量冰，不僅可以防止干燥，還能使保鮮期延長，通常能保鮮1個月左右。

除了上述常規的運輸方式，也有通過冷卻海水到0-1°C，將海水用容器盛入冷藏車，水產品直接放入冷卻后的海水內保鮮。這種方法的保鮮期限通常為10-14天，保鮮質量也更好。但帶來的問題有水產品稍咸，需要漂洗后食用。

而且如果購買常規冷藏車，沒有防腐蝕作用，長時間海水浸泡易對車廂造成腐蝕，損壞車廂的正常功能。故運輸海鮮后，需對冷藏車廂進行及時清洗，并開門晾干，以避免海水對車廂及冷機的腐蝕。

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